Đại hội đồng cổ đông
Đại hội đồng cổ đông là cơ quan quyền lực có thẩm quyền cao nhất, gồm tất cả các cổ đông có quyền biểu quyết, họp mỗi năm ít nhất 1 lần. Đại hội đồng cổ đông có quyền thông qua Báo cáo tài chính hàng năm và ngân sách tài chính cho năm tiếp theo của Công ty, cũng như bầu hoặc bãi nhiệm thành viên Hội đồng quản trị và Ban kiểm soát Công ty.

Hội đồng quản trị
Hội đồng quản trị là cơ quan quản lý, có toàn quyền quyết định mọi vấn đề liên quan đến hoạt động của Công ty, trừ những vấn đề thuộc thẩm quyền của Đại hội đồng cổ đông. Hiện nay, Hội đồng quản trị của Nipharco có 05 (năm) thành viên.

     HỘI ĐỒNG QUẢN TRỊ nhiệm kỳ V (2014 - 2018):

      1. Ông Phạm Uyên Nguyên               Chủ tịch

      2. Bà Trần Thị Loan                             Phó Chủ tịch

      3. Ông Nguyễn Công Đáng               Thành viên

      4. Bà Nguyễn Thị Kim Ngân              Thành viên

      5. Ông Nguyễn Tài Phát                     Thành viên

Ban Giám đốc
Ban Giám đốc gồm có 02 (hai) thành viên, gồm: Giám đốc và Phó Giám Đốc.
Do Hội đồng quản trị bổ nhiệm, Giám đốc là người điều hành hoạt động Công ty và chịu trách nhiệm trước Hội đồng quản trị về việc thực hiện các quyền và nhiệm vụ được giao. 
Phó Giám đốc chịu trách nhiệm quản lý và điều hành từng mảng hoạt động của Công ty và báo cáo trực tiếp cho Giám đốc.